Území dnešní Moldávie bylo osídleno již v prvním tisíciletí př. Kr. První kmenové svazy vytvořené Góty a Dáky byly asi ve 3. stol. př. Kr. porobeny útočnými keltskými kmeny. V l. – 3. stol. n. l. se Moldávie nacházela pod vlivem Římské říše a docházelo ve značné míře k romanizaci původního obyvatelstva. Počátky slovanského osídlování spadají do 4. stol. Po přerušení nájezdy Hunů slovanská kolonizace dále pokračovala. V 10. stol. bylo území součástí Kyjevské Rusi, později haličsko-volyňského knížectví.
V 10. -13. stol. se přes moldavské území přehnaly kmenové svazy Maďarů, Pečeněgů a Kumánů, ve 13. stol. Moldávii vyplenili Mongolové. V první polovině 14. stol. se Moldávie nacházela pod nadvládou Uherského království, ale r. 1359 se podařilo v povodí řeky Moldovy založit Moldavské knížectví, ke kterému patřilo i území dnešní Moldavské republiky. V 16. -19. stol. se země většinou nacházela pod tureckou nadvládou. Od r. 1791 začalo do vývoje Moldávie zasahovat Rusko, které nejprve získalo levý břeh Dněstru a po válce s Tureckem r. 1812 další oblast Moldávie zvanou Besarábie (území mezi řekami Prut a Dněstr).
Po prohrané válce s Tureckem r. 1856 Rusko tuto oblast ztratilo a znovu ji získalo r. 1878. Ruská nadvláda znamenala mimo jiné i násilnou rusifikaci moldavského obyvatelstva. Po říjnové revoluci r. 1917 byla v ruské části Moldávie vyhlášena autonomní Moldavská lidová republika. V lednu 1918 byla Moldávie obsazena sovětskými vojsky. Nejvyšší orgán Moldávie požádal o pomoc Rumunsko, jehož vojsko do konce března 1918 vytlačilo bolševické jednotky ze země. 10. prosince 1918 se Besarábie připojila k Rumunsku, což bylo následně potvrzeno v říjnu 1920 pařížskou smlouvou podepsanou Francií, Itálií, Japonskem a Velkou Británií (Rusko tuto smlouvu nikdy neuznalo).
Na území obsazeném sovětskými vojsky byla r. 1924 vyhlášena Moldavská autonomní sovětská socialistická republika v rámci Ukrajiny. Ke změně situace došlo v předvečer druhé světové války po podepsání sovětsko-německého paktu o neútočení z 23. srpna 1939 obsahující tajný dodatek v tom smyslu, že Besarábie připadne do sféry vlivu Sovětského svazu.
Důsledkem bylo sovětské ultimátum vládě Rumunska z června r. 1940, které požadovalo odstoupení Besarábie a severní části Bukoviny. V červnu 1940 sovětské jednotky tato obsadily a připojily k nim ještě severní okraj rumunské Moldávie (okolí města Herta). 2. srpna 1940 byla vyhlášena Moldavská sovětská socialistická republika. Po německém útoku na SSSR se Besarábie stala znovu součástí Rumunska. V srpnu 1944 byla celá Moldávie obsazena postupující Rudou armádou a země se nadále vyvíjela jako součást Sovětského svazu.
Demokratické změny ve druhé polovině 80. let zasáhly na podzim r. 1989 i Moldávii. V květnu r. 1989 byla založena Lidová fronta Moldávie, která požadovala širší samostatnost země a v září 1989 prosadila uzákonění moldavštiny jako úředního jazyka a návrat k latince. R. 1990 se konaly volby do moldavského Nejvyššího sovětu poprvé za účasti více kandidátů a byly realizovány významné politické změny (zrušení ústavního článku o vedoucí úloze komunistické strany, změna moldavské vlajky). Úplnou nezávislost vyhlásila Moldavská republika 27. srpna 1991. V prvních pluralitních parlamentních volbách v únoru 1994 zvítězila Agrárnědemokratická strana Moldávie. R. 1995 republika odmítla návrhy na umístění ruských vojenských základen na svém území.[/cut]