První stopy trvalého osídlení na území dnešního Tádžikistánu reprezentuje tzv. Hissarská kultura z 5. tisíciletí př. n. l. Usedlí zemědělci se usazovali v úrodných oblastech Hissarské kotliny a jižního Tádžikistánu, ale lidé Hissarské kultury osídlili i horské oblasti. V první polovině 1. tisíciletí př. n. l. se do oblasti nastěhovaly indo-íránské kmeny Sogdů, Saků a Hindů. Zatímco Hindové migrovali dále přes Hindúkúš do dnešní severní Indie, Sogdové zůstali v oblasti dnešního Samarkandu a Sakové v oblasti Fergány, Sedmiříčí a také na Pamíru. V oblasti se rozšířilo zoroastriánství, podle některých autorů dokonce ve Střední Asii a konkrétně na území dnešního Tádžikistánu toto náboženství vzniklo.
V 6. století př. n. l. byla Střední Asie dobyta Achejmenovskými králi přes odpor Sakských kmenů a Sogd a sakské oblasti se staly dvěmi satrapiemi říše. Po zničení Achajmenovské říše Alexandrem Makedonským a po jeho obsazení Samarkandu se v horách dnešního Tádžikistánu skrývaly poslední odbojné oddíly Saků a Sogdů. Od Alexandra Makedonského se zachovalo jméno jezera ve Fanských horách (Iskanderkul). Po smrti Alexandra Makedonského v oblasti vládli jeho nástupci (diadochové) – Seleukovci, od 3. století př. n. l. se od Seleukovců odtrhl Řecko-baktrijský stát na území dnešního Afghánistánu, jižního Tádžikistánu a Uzbekistánu. Tento stát byl ve 2. století př. n. l. rozdroben a zpustošen nájezdy kočovných kmenů Juečži, jejíchž kmen Tochárů dal načas název celé oblasti Baktrie. Území jižního Uzbekistánu a Tádžikistánu bylo znovu sjednoceno novými kočovníky – Kušánci v 1: století n. l. Za jejich vlády se značně rozšířil obchod na Hedvábné stezce. Ve 3. století n. l. však bylo kušánské území ovládnuto Sásánovci z Persie.
Sásánovci však museli v 6. století ustoupit prvním turkickým kmenům, které vytvořily v Sogdianě Turkický kaganát. Jižní oblasti Tádžikistánu se dostaly pod nadvládu Heftalitů, kteří se od Sásánovské říše odtrhli v 5. století. Oblast Pamíru a Fergány dočasně ovládla čínská dynastie Tang. Po intermezzu arabské nadvlády (8. století), jež změnila náboženské poměry ve Střední Asii na převažující islám, byla území Střední Asie ovládla dynastie Sámánovců, která je postsovětskou tádžickou historiografií považována za předchůdce dnešního moderního Tádžikistánu. Na území dnešního Tádžikistánu se rozvinulo několik významných měst (Chodžent, Pendžikent, Holbuk). Na přelomu 10. a 11. století byl Sámánovský stát rozdělen mezi turkický stát Mahmuda z Ghazzny na jihu. Větší část Střední Asie byla ve stejnou dobu anektována turkickými Karachánovci. Počátkem 12. století je vystřídali Karakitajci, kteří porazili v roce 1137 v bitvě u Chodžentu karachánovské vojsko. Pro obě velmoci bylo území dnešního Tádžikistánu spíše okrajovou oblatí s výjimkou měst ve Fergánské kotlině (Merv) a zdrojů soli a kovů v jižním Tádžikistánu. Podobně tomu bylo ve druhé polovině 12. století, kdy celou oblast získali Chórezmšáhové. V oblasti vládly reálně místní dynastie, které akceptovaly vazalský (a často pouze formální) vztah vůči větším celkům. Oblast Pamíru s populací východoíránských (pamírských obyvatel) byla podřízena pouze minimálně. Mongolské nájezdy se dotkly zejména severního Tádžikistánu, kde město Chodžent vzdorovalo v roce 1220 po pádu Samarkandu a Buchary.
V oblasti Tádžikistánu se usadily mongolské rody (Kaučin, Barlas, Džalájir) a po faktickém rozpadu Čagatajského ulusu v polovině 14. století zde vznikly menší panství pod vedením mongolských, turkických nebo perských/tádžických rodů. Celou oblast sjednotil Tamerlán z rodu Barlas, jehož potomci (Timurovci) kontrolovali většinu území dnešního Tádžikistánu.
Počátkem 16. století ovládli Střední Asii uzbecké kmeny Šajbánovců, které založily Bucharský chanát. Šajbánovci, stejně jako další dynastie ovládali pouze Chodžent, části jižního Tádžikistánu a Hissarskou kotlinu. Po odtržení Kokandského chanátu v 18. století přecházela oblast Chodžentu od Buchary ke Kokandu. Horské oblasti byly ovládány místními vládci, kteří se nejvýše formálně podřizovali bucharskému chánovi/emírovi. Jednalo se zejména o Hissor, Kuljób, Darvaz, Karategin, Kabadijan, Šugnán, Rušán či Wachán. Východní Pamír byl od 18. století součástí Kokandského chanátu, avšak kontrola kokandských chánů zde byla rovněž nominální. V 60. letech 19. století expandovalo do Střední Asie carské Rusko. Ruská armáda dobyla v roce 1865 Taškent a v roce 1866 padla města Chodžentu a Ura-Ťjube v severním Tádžikistánu. Polonezávislá bekství byla po dlouhotrvajících bojích v letech 1869-1878 podřízena bucharskému emírovi. Oblast Pamíru se byla jednou z klíčových součástí rozhraničení mezi carským Ruskem a Velkou Británií, které skončilo protokolem o rozhraničení z roku 1895.
Na teritoriích východní Buchary v reakci na politiku emíra (zvyšování daní) však často propukala protibucharská povstání (nejznámější je povstání pod vedením Vosseho z roku 1888).
Oblasti východní Buchary byly roku 1917 pouze slabě zasaženy reformními snahami některých bucharských intelektuálů ovlivněných džadídistickým hnutím. Pouze v Kuljóbu byl počátkem 20. století rozšiřován socialně-demokratický časopis Iskra. V souladu s rusko-bucharskými dohodami, byly na afghánsko-bucharských hranicích založeny ruské posádky.
Výraznými změnami naopak prošel severní Tádžikistán, kam byla v roce 1899 dovedena železnice mezi Samarkandem a Andižanem. Chodžent se stal průmyslovým městem s několika rusko-tuzemskými školami.
Po bolševické revoluci byla oblast severního Tádžikistánu již v listopadu 1917 obsazena bolševiky a sovětské oddíly kontrolovaly od jara 1918 oblast Badachšánu. Východní Buchara se naopak stala jedním z center odboje proti bolševické moci. Když byl v září 1920 bucharský emír Sajjíd Álim Chán svržen a ustavena Bucharská lidová sovětská republika, emír uprchl do východní Buchary do pevnosti Hissor, odkud do dubna 1921 vedl odpor proti Rudé armádě. Boj tzv. basmačů proti sovětské moci však v této oblasti pokračoval až do 30. let 20. století.
V roce 1924 byla Střední Asie rozčleněna podle národnostního principu a v rámci Uzbecké Sovětské socialistické republiky vznikla Tádžická autonomní sovětská socialistická republika s centrem v Dušanbe. V roce 1925 byla v jejím rámci vyhlášena Autonomní oblast Horský Badachšán a připojeny oblast Pendžikent a Ura-Ťjube (dnes Istorovšón). V roce 1929 se z Uzbecké SSR vyčlenila Tádžická SSR, do níž byla zahrnuta oblast dnešní Sogdské oblasti s centrem ve městě Chodžent (v letech 1936-1991 Leninabad). Hlavní město bylo přejmenováno na Stalinabad (do r. 1961). Do Tádžikistánu začaly proudit investice do průmyslových objektů (do té doby ve východní Buchaře prakticky neexistujících), zejména v oblasti textilního průmyslu a hydroenergetiky. Hlavní centra nové svazové republiky byla napojena na sovětskou železniční síť (Stalinabad/Dušanbe v roce 1929).
Koncem 20. a ve 30. letech 20. století bylo přistoupeno ke kolektivizaci zemědělství, při které se snížila produkce tádžického zemědělství na 30-50% a dočasně vyvolalo novou aktivizaci basmačských skupin. Právě boj s basmačským hnutím hrál velkou roli v Tádžické SSR v době velkého stalinského teroru. Koncem 30. let byli odsouzeni a v mnoha případech zastřeleni hlavní představitelé první generace vůdců sovětského Tádžikistánu.
Po druhé světové válce byl první tajemníkem Tádžické SSR jmenován historik Bobodžon Gafurov (1946-1957), který je dodnes významnou autoritou. S jeho jménem je spojena pokračující sovětizace Tádžikistánu. Zároveň se do čela Tádžické SSR prosazovaly více místní kádry.
Ve druhé polovině 80. letech 20. století, v době perestrojky, se v tádžické společnosti a politice objevily zárodky dvou nových ideologií – islámské a nacionalistické. Rozvoj islámu byl spojen s neoficiálními duchovními autoritami, zatímco k nacionalistickému proudu se hlásila spíše světská inteligence. V letech 1991-1992 se zároveň posílily rozpory o moc mezi regionálními klany. Regionální a islámský faktor vedl k rozpoutání občanské války v letech 1992-1997. V roce 1994 byl do čela oficiálně uznávané moci zvolen prezident Emómali Rahmónóv (od roku 1992 předseda Nejvyššího sovětu, od roku 1995 prezident Tádžikistánu). V letech 1994-1997 proběhlo několik kol mírových rozhovorů mezi Rahmónóvem a opozicí (pod vedením předsedy Islámské strany obrody Sajjídem Abdulló Núrím). V červnu 2007 byla v Moskvě podepsána smlouva o míru.
Od roku 1997 si prezident Rahmónóv (v roce 2007 si změnil jméno na Rahmón) soustavně upevňoval svou moc a posiloval vlastní autoritářský režim. V letech 1999 a 2006 byl znovu zvolen a s ohledem na změny v ústavě může vládnout až do roku 2020.
