Doporučuje se věnovat maximální pozornost otázce osobní bezpečnosti, průběžně se informovat o aktuální situaci v zemi, včetně otázky rizika,  spojeného s aktivitami teroristických a radikálních skupin. Zvýšené riziko je v průběhu náboženských svátků, zvlášť během půstního měsíce Ramadánu, kdy mohou radikální militantní skupiny provádět zastrašující akce.
V posledních letech dochází v Jakartě a jiných větších městech Indonésie k teroristickým bombovým útokům proti zařízením, navštěvovaným cizinci, jako hotelům, restauračním a zábavním podnikům, nákupním a rekreačním střediskům.

Nedoporučuje se cestovat do provincie Aceh na severu Sumatry, kde probíhal donedávna ozbrojený konflikt mezi místním separatistickým hnutím a vojenskými silami ústřední vlády a situace je stále nejasná. Doporučuje se zvážit cestování do provincie Moluky, zvláště do jejího správního střediska Ambonu, kde v důsledku sektářského násilí zahynulo od dubna 2004 nejméně 40 osob a dalších 220 bylo zraněno. Při cestách do provincií Střední, Jižní, Jihovýchodní a Severní Sulawesi se doporučuje maximální opatrnost. Situace zde dlouhodobě nejeví známky zlepšení, dochází zde ke konfliktům mezi muslimy a křesťany a útokům i na civilní cíle, včetně prostředků hromadné dopravy. V Poso a Palu v provincii Střední Sulawesi došlo na konci r. 2004 a v r. 2005 k bombovým útokům a vraždám. V případě cest do provincie Papua se vzhledem k probíhajícímu náboženskému, etnickému a separatistickému konfliktu doporučuje zachovávat maximální opatrnost. V případě cest do oblasti Západního Timoru se nedoporučuje cestovat mimo správní středisko Kupang.

V souvislosti s ozbrojeným konfliktem na jihu Filipín je třeba věnovat pozornost tomu,  že teroristická skupina Abu Sayyafa se uchyluje k praktikám únosů zahraničních turistů v jihozápadní oblasti Filipín v těsné blízkosti hranic Indonésie. Tato skutečnost je zdrojem  potenciálního bezpečnostního rizika pro zahraniční návštěvníky těch oblastí Indonésie, které se nacházejí v blízkosti rizikového území Filipín, např. oblastí v provincii Severní Sulawesi, Kalimantan a zejména  území přiléhajících ostrovů.

Návštěvníkům ostrova Lombok, kteří hodlají provozovat vysokohorskou turistiku v okolí sopky Mont Rinjani, se doporučuje využívat k tomuto účelu pouze registrované průvodce a informovat se na místní policii o aktuální situaci v této části ostrova s ohledem na skutečnost, že v okolí sopky operují kriminální gangy, zaměřené na loupežná přepadení zahraničních návštěvníků.

V Indonésii dělají pro bezpečnost hodně. Je možně, že narazíte na "domácí" strážníky, kteří mají modré uniformy s nášivkami "security". Tito strážníci kontrolují, kdo vstupuje do domu, také kontrolují auta a dávají řidičům takové kartičky, které při výjezdu vracejí. Při vstupu do obchodního domu je možné, že Vám budou kontrolovat obsah batohu. V některých případech batoh budete muset nechat z bezpečnostních důvodů  v úschově.

Zdraví

Jako ve všech tropických zemích platí zásadní pravidlo nepít jinou vodu než balenou, převařenou, popřípadě upravenou tablety na úpravu vody. Místní vodou se nedoporučuje ani čistit zuby. Nemá cenu pokoušet osud, abyste pak následujících několik dní byli vyřazeni z provozu následkem pořádného průjmu. Též se vyplatí každé ovoce oloupat, nebo omýt balenou vodou. Naopak v jídle je člověk mnohdy odkázán na pouliční stravu, víceméně bez dalších následků. V současné době by snad více pozornosti zasloužila pečená a vařená masa, neboť v Indonésii často nebývají úplně dopečená a specielně kuřecí maso bývá krvavé u kosti. Je ovšem nemožné být po celou dobu odkázán na vařenou rýži a vajíčka natvrdo.
Zdrojem dalších závažných nemocí jsou komáři. Denní komáři vedle dalších nemocí přenášejí horečku dengue, která může skončit i smrtí, noční komáři jsou nebezpeční šiřitelé malárie. V Indonésii je mnoho velmi malarických oblastí, kde se vyskytují všechny formy malárie najednou, takže jednoznačně je vedle malarické profilaxie nejlepší chránit se dlouhými rukávy a nohavicemi.
Pro potápěče platí pravidlo nečistit si po dobu pobytu uši. Velmi časté jsou následkem této akce nepříjemné záněty.
Jakékoliv odřeniny je dobré dezinfikovat. Zvýšená pozornost je na místě při odřeninách z moře o korály. Je známo mnoho případů, kdy se z malé oděrky o korál stala hluboká hnisavá rána.

Doporučená očkování: Žloutenka typu A, Tyfus, Meningokoková meningitida.

Lékárny jsou většinou v nákupních centrech. Vypadají asi jako ty naše. Člověk tam sežene všechny léky, které jsou potřeba včetné léků proti malárii, které jsou daleko levnější než u nás.

Celková úroveň veřejných nemocnic je nižší než u nás. Bývají dost plné. Doktory na první pohled nelze poznat, protože tam v bílém nechodí. Zdravotní sestry alespoň
poznat jde. Vypadají jako policistky - nosí modré "uniformy" s odznakem. Mnoho Indonésanů se zdravotně nepojišťuje, protože na to jednoduše nemají - není to povinné jako u nás. Proto když onemocní, tak musí za léčbu platit. Zdravotní pojištění se platí na rok a stojí okolo 1 600 Kč ... ostatně to odpovídá kvalitě ošetření. Samozřejmě existují soukromé nemocnice, kde je úroveň léčby daleko vyšší, ale dražší.